在江门上班，公司的社保是在深圳缴纳的，这说明虽然你们公司是在江门办公或是生产，但其实公司的注册地是在深圳，或是从深圳迁到江门的公司，其注册地仍然在深圳。我国的社保是按照属地管理的原则办理，公司的社保是按照注册地缴纳。即在哪个区县注册就在哪个区县办理社保缴费登记，这有点和我们公司当初的情况比较相似。
以前我们的公司的注册地是在重庆的永川区，以前的生产经营和公司总部也是在永川，员工来源也大部分在永川。后来随着化工企业的搬迁，公司的主要生产装置分别迁移到到原材料更为方便的西北地区，比如新疆、内蒙古、宁夏等地，这些迁到当地的公司是分别在当地注册的法人单位，所以在新疆工作的员工，或是在内蒙工作的员工，社保就需要当地缴纳，但从重庆派到这些地方工作的员工，可以由总公司签订劳动合同，继续在总公司缴纳社保。
从年以后，由于公司总部搬到了重庆的主城区办公，所有人员也从永川区搬到了主城区的公司总部办公，由于只是办公地点改在了主城区，注册地还是在永川区，所以在主城区的招聘的员工，或是从其他单位调入公司的员工，所有的社保关系全部都要转移到永川区，住房公积金也需要到永川区办理，公司员工达到法定的退休条件以后也要在永川区办理退休。由于重庆的所有社保都实现了市级统筹的，所以在哪里办理社保，在哪里办理退休，待遇都是没有任何区别的。
你现在的情况和我们公司的情况是一样的，虽然公司在江门开展业务，在江门办公，实际上公司的注册地是在深圳。由于广东省在年就制定了省级统筹方案，逐步实现缴费标准，退休待遇等的全省统一，所以在深圳缴费和在江门缴费区别不大。而且以前的深圳最低缴费标准，对于户籍不属于深圳或是广东省的员工，是按照深圳市职工最低工资标准作为缴费基数，深圳市的职工最低工资标准是每月元。
这对于外来员工，特别是非深户籍的职工来讲是非常吃亏的。每月元的缴费基数，除了厦门市以外，全国再也没有这么低的缴费基数。大家都说今后在深圳办理退休养老金会比较高，但是如果按照每月元的缴费基数缴纳职工养老保险，养老金也是全国最低的地方。
江门市的的最低缴费基数是按照上年度职工月平均工资的60%作为缴费基数，最低缴费基数年为元，江门是这个缴费基数其实也是比较低，甚至低于四川重庆等地的最低缴费下限。当然这只是最低的缴费下限，其实对于缴费基数的规定还有一条，就是要按照本人的实际工资来作为缴费基数，无论是深圳也好，江门也好，职工的实际工资最低也不可能低于每月元或是元，如果是按照本人的实际工资来缴费，今后退休的待遇可能会好很多。
按照广东省政府《完善企业职工基本养老保险省级统筹实施方案》的规定，方案实施前高于全省统一比例的，按照全省统一比例执行；低于全省统一比例的，原则上用三年时间逐步过渡至全省统一比例。国家明确统一企业职工基本养老保险单位缴费比例后，再逐步统一到全国要求。也就是说今后不管是深圳的缴费比例还是江门的缴费比例，要用三年左右的时间过渡到全省统一。
在江门上班，社保在深圳缴纳，养老保险在深圳缴纳，对职工个人的影响不是很大，因为广东省养老保险省级统筹的方案已经逐步在执行，影响比较大的可能还是医疗保险，由于社保卡是深圳的，医保个人账户部分只能在医院门诊看病时刷卡使用，在江门是无法用社保卡到定点药店刷卡买药的；但住院费只要办理省内的异地就医备案以后，在江门住院和在深圳住院区别不是很大。按照广东省医保局的规划，广东的医疗保险是力争在年底实现省级统筹，但是直到现在为止，还没有看到广东医疗保险省级的统筹的方案。
综上所述，在江门上班，在深圳缴纳社保，养老保险部分由于广东省已经实现省级统筹，今后最后在哪个地方缴费，就在哪个城市办理退休，不需要转移养老保险关系，所以对个人影响不是很大；在医疗保险还没有实现省级统筹之前，在深圳缴纳医疗保险，要在江门刷卡买药是无法刷卡的，要在江门住院还需要在深圳办理异地就医备案，对职工看病就医有一定的影响。